El Niño, som betyder gossebarnet, hänger ihop med ett annat väderfenomen kallat flickebarnet, La Niña. De är två extremer av en naturlig vädercykel i det tropiska Stilla havet. Under ett El Niñoår blir havet cirka två till tre grader varmare än normalt utanför Sydamerikas västkust, medan det under ett La Niñaår är kallare.
Vanligtvis blåser ett vindsystem som kallas passadvindarna konstant det varma ytvattnet österifrån västerut längs ekvatorn. Namnet på passadvindarna härstammar troligtvis från nederländskans “pasaat” som betyder genomgång. Fartyg drar fördelar av vindsystemet som förkortar restiden från öst mot väst.
Passadvindarna gör att kallt bottenvatten att stiga upp vid Sydamerikas västkust, medan det varma ytvattnet ger regn i Indonesien. Regnet får luftmassor att stiga upp i atmosfären, vilket håller passadvindarna igång.
I genomsnitt vart fjärde år avtar passadvindarna dock, och utan vindarnas press flyter det varma ytvattnet sakta men säkert tillbaka till Sydamerika, vilket leder till ett så kallat El Niñoår.